Le tribunal de la Martinique a été créé le 30 septembre 1953
Le tribunal administratif de Fort-de-France a été créé par décret le 30 septembre 1953 (décret n° 53-934 du 30 septembre 1953) et a remplacé le conseil de préfecture de la Martinique qui avait lui-même été mis en place quelques années plus tôt en 1947 (décret n° 47-1019 du 7 juin 1947), au moment de la départementalisation de l'île.
Pendant longtemps, le tribunal administratif de Fort-de-France a eu une organisation particulière puisque son président assurait également la présidence des tribunaux administratifs de Basse-Terre (Guadeloupe) et de Cayenne (Guyane). Ces trois tribunaux constituaient ainsi dans les faits des sortes de chambres délocalisées d'une juridiction administrative unique au niveau des Antilles et de la Guyane qui siégeait à Fort-de-France.
Cette organisation n'a plus cours depuis que les tribunaux administratifs de Basse-Terre (Guadeloupe) et de Cayenne (Guyane) sont devenus des juridictions autonomes, respectivement en 2010 (décret n° 2010-164 du 22 février 2010) et en 2011 (décret n° 2011-921 du 1er août 2011). Depuis ces dates, les territoires de la Martinique, de la Guadeloupe et de la Guyane sont chacun le siège d'un tribunal administratif doté d'un président, de magistrats, d’un greffe et d’une organisation propres.
Le tribunal administratif de Fort-de-France est devenu le tribunal administratif de la Martinique en 2015 (décret n° 2015-1145 du 15 septembre 2015). Ce changement de dénomination fait suite au déplacement du siège du tribunal de son ancienne adresse, située à Fort-de-France, à ses locaux actuels, situés à Schoelcher, qui ont été officiellement inaugurés le 15 décembre 2015.